Σειρά αντισυνταγματικών διατάξεων καταγράφει το Επιστημονικό Συμβούλιο της Βουλής στο νομοσχέδιο Κεραμέως για τα ΑΕΙ. Μάλιστα έχει ήδη κατατεθεί ένσταση αντισυνταγματικότητας στην Ολομέλεια, η οποία όμως αναμένεται να απορριφθεί από την κυβερνητική πλειοψηφία.
Οι επίμαχες επισημάνσεις του Επιστημονικού Συμβουλίου αφορούν την «καρδιά του νομοσχεδίου»: τα Συμβούλια Διοίκησης, η ανάδειξη των εκπροσώπων φοιτητών, το Συμβούλιο Φοιτητών, οι προϋποθέσεις εκλογής και εξέλιξης μελών ΔΕΠ.
Συγκεκριμένα μεταξύ άλλων:
-«γεννάται προβληματισμός» κατά πόσο «αποδίδει την αρχή της πλήρους αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ» η ρύθμιση για την εκλογή Διοικήσεων, καθώς από το σύνολο των μονοπρόσωπων οργάνων διοίκησης σε επίπεδο ΑΕΙ, Σχολής και Τμήματος (πρύτανης, αντιπρυτάνεις, εκτελεστικός διευθυντής, κοσμήτορας, πρόεδρος, αντιπρόεδρος Τμήματος),τα μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας -χωρίς τη συμμετοχή του ειδικού διδακτικού προσωπικού, του διοικητικού προσωπικού και των φοιτητών- εκλέγουν απευθείας μόνο τον πρόεδρο και τον αντιπρόεδρο του Τμήματος.
Στις περιπτώσεις δε, μονοτμηματικών Σχολών, όπου δεν χωρεί εκλογή προέδρου Τμήματος, δεν προβλέπεται εκλογική διαδικασία και επομένως, ούτε συμμετοχή των μελών ΔΕΠ στην ανάδειξη του οργάνου.
-χαρακτηρίζεται αδόκιμη η άσκηση αρμοδιοτήτων ακαδημαϊκής φύσεως από το Συμβούλιο Διοίκησης, που συγκροτείται από εσωτερικά και εξωτερικά μέλη, όταν τα τελευταία δε διαθέτουν ακαδημαϊκή ιδιότητα, όπως επισήμαναν οι πανεπιστημιακοί φορείς, τα κόμματα της αντιπολίτευσης και ο ΣΥΡΙΖΑ-ΠΣ.
-αντίκειται στις αρχές της αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ και της αρχής της ισότητας, ο αποκλεισμός των μεταπτυχιακών φοιτητών λόγω υπέρβασης της ελάχιστης διάρκειας του ΠΜΣ και των υποψηφίων διδακτόρων που έχουν συμπληρώσει 3 έτη από την εγγραφή τους, από το σώμα των εκλεκτόρων για την ανάδειξη των εκπροσώπων των φοιτητών στη Συνέλευση του Τμήματος.
-νοθεύεται η αντιπροσωπευτικότητα του εκλογικού αποτελέσματος με τον περιορισμό του αριθμού των προτιμήσεων των φοιτητών στο ψηφοδέλτιο σε βαθμό που υπολείπεται του αριθμού των εκπροσώπων των φοιτητών.
-οι διατάξεις για το Συμβούλιο Φοιτητών προκαλούν ανεπίτρεπτη υποκατάσταση διοικητικού οργάνου στη σφαίρα δράσης των φοιτητικών συλλόγων, θεσμού που ορίζεται στο Σύνταγμα και έχει χαρακτηριστικά ελεύθερης και συλλογικής δράσης. Επισημαίνεται ότι οι φοιτητικοί σύλλογοι αποτελούν ειδικότερη έκφανση της ελευθερίας του «συνεταιρίζεσθαι» και εγγύηση αποτελεσματικής άσκησης της ακαδημαϊκής ελευθερίας των φοιτητών.
-αναφορικά με τα κριτήρια εκλογής και εξέλιξης των μελών ΔΕΠ: η κατοχύρωση διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και η ίδρυση εταιρειών τεχνοβλαστών (spin-off) δεν προσφέρεται ως γενικό κριτήριο αξιολόγησης. Επίσης, η συμμετοχή σε ίδρυση εταιρείας, πράξη δηλαδή επιχειρηματικής δραστηριότητας και ανάληψης επιχειρηματικού κινδύνου, είναι λίαν αμφίβολο αν αποτελεί θεσμικό κριτήριο επιλογής μέλους ΔΕΠ, δηλαδή διαδικασίας που διέπεται από τη συνταγματική αρχή της αξιοκρατίας και οφείλει να συνάδει με την αρχή της ακαδημαϊκής ελευθερίας.
Ανάλογες σκέψεις διατυπώνονται για την προσέλκυση χρηματοδοτήσεων των Πανεπιστημίων από την αγορά, προκειμένου σύμφωνα με την κυβερνητική βούληση να μειωθεί στο ελάχιστο η οικονομική υποχρέωση της Πολιτείας έναντι των Πανεπιστημίων.