Τα υποθαλάσσια ερείπια εντοπίστηκαν και χαρτογραφήθηκαν το 1968 από ομάδα του Πανεπιστημίου του Κέμπριτζ με επικεφαλής τον δρα Νίκολας Φλέμινγκ, αλλά από τότε δεν έχει γίνει καμία έρευνα στην περιοχή. Σαράντα χρόνια μετά, ο δρ Γιον Χέντερσον, από το Πανεπιστήμιο του Νότιγχαμ, θα είναι ο πρώτος αρχαιολόγος που θα έχει επίσημη πρόσβαση στην περιοχή, έχοντας πάρει ειδική άδεια από το ελληνικό κράτος.
Στόχος των επιστημόνων είναι να αποκαλύψουν την ιστορία και την ανάπτυξη της πόλης, να ανακαλύψουν από πότε κατοικήθηκε και, μέσω συστηματικής μελέτης της γεωμορφολογίας της περιοχής, να κατανοήσουν πότε και για ποιους λόγους η πόλη εξαφανίστηκε κάτω από τη θάλασσα. Σύμφωνα με τον δρα Χέντερσον, το Παυλοπέτρι «αποτελεί τοποθεσία σπάνιας διεθνούς αρχαιολογικής σημασίας» και γι΄’ αυτό, όπως είπε, η έρευνα πρέπει να γίνει έγκαιρα προτού τα εναπομείναντα στοιχεία χαθούν για πάντα (ήδη υφίστανται ζημιές από τον τουρισμό, τους δύτες και τις άγκυρες των σκαφών).
Ο Χέντερσον και η ομάδα του, σε συνεργασία με τον Ηλία Σπονδύλη της Εφορείας Ενάλιων Αρχαιοτήτων του ελληνικού υπουργείου Πολιτισμού, θα διεξάγουν λεπτομερή ψηφιακή ακουστική υποθαλάσσια έρευνα του χώρου, χρησιμοποιώντας εξοπλισμό που αρχικά είχε χρησιμοποιηθεί για στρατιωτικούς σκοπούς και για υποθαλάσσιες έρευνες πετρελαίου. Ο εξοπλισμός μπορεί να παράγει φωτορεαλιστικές, τρισδιάστατες ψηφιακές αναπαραστάσεις του θαλάσσιου πυθμένα και των υποθαλάσσιων κατασκευών, με ακρίβεια μικρότερη του 1 χιλιοστού, μέσα σε λίγα λεπτά.
Το πρόγραμμα χρηματοδοτείται από το Ινστιτούτο Αιγαιακής Προϊστορίας, το Πανεπιστήμιο του Νότιγχαμ και τη Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών. Έχουν προγραμματιστεί τέσσερις περίοδοι έρευνας και ανασκαφών. Οι εργασίες πλήρους ψηφιακής χαρτογράφησης θα πραγματοποιηθούν φέτος το Μάιο και Ιούνιο, οι εργασίες θα συνεχιστούν από το 2010 έως το 2012, το 2013 θα μελετηθούν τα στοιχεία που θα έχουν προκύψει και τα 2014 αναμένεται να δημοσιευτούν τα αποτελέσματα.