Η Μάχη του Σέλτσου (τελευταία επιχείρηση της πολιορκίας του Σέλτσου), έλαβε χώρα την 23η Απριλίου του 1804, στην περιοχή του χωριού Πηγές Άρτας, στην Ιερά Μονή Σέλτσου, ανάμεσα στους Σουλιώτες και τα στρατεύματα του Αλή Πασά
Φωτογραφία: By candiru – Μονή Σέλτσου ΠανοραμικήUploaded by Alaniaris, CC BY 2.0, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=18195689
Μετά την παράδοση του Σουλίου, τον Δεκέμβριο του 1803 οι Σουλιώτες άρχισαν να εγκαταλείπουν το Σούλι κατά ομάδες.
Οι πιο τυχεροί, όπως η ομάδα του Φώτου Τζαβέλα, θα καταφέρει με αρκετές δυσκολίες να φτάσει σώα και αβλαβής στην Πάργα, και από κει στα Ιόνια νησιά.
Η δεύτερη ομάδα όμως, αυτή, στο Ζάλογγο θα χτυπηθεί από τα στρατεύματα του Αλή Πασά (που παραβίασε τους όρους της συνθήκης, και άρχισε να κυνηγάει τους Σουλιώτες με σκοπό να τους σκοτώσει).
Η τρίτη από τις ομάδες που δημιουργήθηκαν, αυτή με αρχηγό τον Νότη Μπότσαρη, αν και κατάφερε να φτάσει με ασφάλεια στο χωριό Βουργαρέλι -χωριό στο οποίο είχαν αποφασίσει να κατοικήσουν μόνιμα – μόλις έμαθαν την παραβίαση των όρων της συνθήκης από τον Αλή Πασά, και τις επιθέσεις των στρατιωτών του στους Σουλιώτες, αποφάσισε να φύγει από το χωριό.
Έτσι, γύρω στα τέλη Δεκεμβρίου του 1803, 1140 άνθρωποι περίπου, ξεκίνησαν για να πάνε στο χωριό Βρεσθενίτσα (σημ. Πηγές Άρτας) με σκοπό να περάσουν στο αρματολίκι των Αγράφων. Οι αρματωλοί των Αγράφων όμως δεν τους άφησαν να περάσουν, φοβούμενοι την οργή του Αλή Πασά, και έτσι η ομάδα γύρισε και πάλι πίσω στη Βρεσθενίτσα. Όταν έμαθαν ότι καταφτάνουν οι στρατιώτες του πασά των Ιωαννίνων, αποφάσισαν να πολεμήσουν, αμυνόμενοι στο μοναστήρι του Σέλτσου, το οποίο απέχει 5 χλμ από το χωριό Βρεσθένιτσα.
Η τοποθεσία αυτή, ιδανικό σημείο άμυνας καθώς είναι σχεδόν απροσπέλαστη, ωστόσο δεν έχει καμία έξοδο διαφυγής. Οι Σουλιώτες αποφάσισαν ή να νικήσουν τους στρατιώτες και να φύγουν απο εκεί ή να πεθάνουν.
Στις 12 Ιανουαρίου του 1804, 5000 Τουρκαλβανοί στρατιώτες και αρκετοί Έλληνες αρματωλοί της περιοχής περικύκλωσαν την ευρύτερη περιοχή και στις 15 Ιανουαρίου επιχείρησαν την πρώτη επίθεσή τους. Ωστόσο, δεν κατάφεραν να εκπορθήσουν τις οχυρωματικές κατασκευές που είχαν εν τω μεταξύ φτιάξει οι Σουλιώτες, και έτσι αποφάσισαν να προχωρήσουν σε αποκλεισμό, με σκοπό να αναγκάσουν τους Σουλιώτες να παραδοθούν για να μην πεθάνουν από την πείνα.
Οι Σουλιώτες, με την βοήθεια των γειτονικών χωριών -που κατάφερναν να τους προσφέρουν τα στοιχειώδη για την επιβίωσή τους -άντεξαν πολιορκία 3 μηνών. Στις 21 Απριλίου του 1804 ωστόσο, μια ομάδα στρατιωτών κατάφερε να εισχωρήσει στο χώρο του μοναστηριού. Στη μάχη που ακολούθησε σκοτώθηκαν οι περισσότεροι Σουλιώτες – μόνο 65 κατάφεραν τελικά να περάσουν τον Αχελώο και να ξεφύγουν – ενώ πολλά γυναικόπαιδα προτίμησαν να πέσουν από τον γκρεμό, ύψους 300 μέτρων, και να πεθάνουν έτσι.
Οι στρατιώτες του Αλή Πασά, συνέλαβαν αιχμάλωτους τον Νότη Μπότσαρη και τη γυναίκα του Χριστίνα, και τα παιδιά του Κίτσου Μπότσαρη, Κώστα, Δέσποινα και Αγγελική. Από τις γυναίκες που έπεσαν στο γκρεμό, αναφέρεται η Λένω Μπότσαρη, κόρη του Κίτσου. Οι Κίτσος και Μάρκος Μπότσαρης (πατέρας και γιος) κατάφεραν να επιζήσουν, κρυμμένοι σε μια σπηλιά, και τελικά να φτάσουν στην Πάργα.